In Allstedt verändert Müntzer die Gottesdienstordnung und seine Predigten werden zu Ereignissen. In zahlreichen Schriften formuliert er seine Veränderungsabsichten und streitet über theologische Fragen. Er grenzt sich immer mehr von Luther und dessen Anhängern ab. 1524 gründet Müntzer den „Allstedter Bund“, eine geheime Vereinigung seiner engsten Vertrauten. Ihre Aufgabe ist die Verbreitung von Müntzers Ideen. Noch im gleichen Jahr treten Bauern, Bergleute und Bürgerliche in den Bund ein. Im März 1524 wird die Kapelle des Klosters in Naundorf zerstört und der Weimarer Hof fordert Bestrafung für die Täter. Die Lage spitzt sich immer mehr zu. Im Sommer 1524 wird der Bund zur politischen Organisation gegen den Adel. Mit der Zerstörung der Kapelle bricht das gute Verhältnis zwischen Luther und Müntzer für immer auseinander. Von diesem Zeitpunkt an gingen sie getrennte Wege. Am 13. Juni wird in Allstedt Sturm geläutet, die Bürger treten bewaffnet auf die Straße. Es kommt zu einem Streit zwischen Müntzer und den Feudalherren Kursachsens. Müntzer hält zu seiner Rechtfertigung eine Rede vor Herzog Johann von Sachsen und dessen Hofangestellten. Er wollte den sächsischen Herrscher für die Reformation gewinnen. Diese Rede, genannt „Fürstenpredigt“ hielt Müntzer im Juli 1524 in der Kapelle des Allstedter Schlosses. Deswegen musste er im August zum Verhör nach Weimar fahren. Nach diesem Verhör wird der „Allstedter Bund“ verboten. Doch das Volk ist nicht mehr aufzuhalten.
Müntzers Anhänger werden mit Gewalt von den regierenden Fürsten aus ihren Gebieten vertrieben. Der „Allstedter Bund“ wird zur Militärorganisation. Damit ruft Müntzer das Deutsche Volk zum Widerstand gegen die Obrigkeit auf. Ihm selbst droht dafür die Verhaftung. Um dieser zu entgehen flieht er in der Nacht vom 7. zum 8. August nach Mühlhausen. Ende August kommt er in Mühlhausen an und schließt sich dort den Leinewebern an. Als im Raum Mühlhausen der Bauernkrieg ausbricht, zieht Müntzer weiter in den Südwesten Deutschlands. Hier schreibt er 2 Bücher. Darin wird deutlich, dass er seine Hoffnung allein auf das Volk setzt. Im Reich Gottes sind alle Mitglieder gleich und Klassenunterschiede gibt es nicht. Den Vorwurf, er wolle ja nur Aufruhr stiften, weist er zurück. Um die Jahreswende 1524/25 siegte die luthersche Reformation in Mühlhausen und Müntzer kehrte in die Stadt zurück. Er wurde im Februar 1525 Pfarrer an der Marienkirche. Im März fordert Müntzer die Wahl eines neuen Thüringer Rates. Dieser Rat wird Mitte März mit großer Mehrheit gewählt. Der Rat, genannt „ewiger Rat“ arbeitete nur knapp 2 Monate. Er bestand aus Handwerkern, Geistlichen und niederen Bürgern. Bauern waren zu Müntzers Bedauern nicht vertreten. Auf Müntzers Drängen hin, verbessert der Rat die soziale und rechtliche Lage der unteren Volksschichten. Gleichzeitig hielt der Rat geheime Kontakte zu Gegnern der Reformation. Als im Frühjahr 1525 der Bauernkrieg auf Thüringen übergriff, wurde Thomas Müntzer zu einer wirklich historischen Persönlichkeit.
Er sieht in den Bauern Kämpfer für die Sache Gottes und ruft offen zum Sturz der Tyrannen auf. Der Ort Langensalza beginnt mit dem bewaffneten Widerstand und hofft auf die Unterstützung von Mühlhausen. Auf dem Rückweg von Langensalza errichten die Mühlhäuser ein Lager bei Görmar. Müntzer sagt Nordhausen und Frankenhausen seine Hilfe zu. Doch zunächst musste er weiter ins Eichsfeld, bemüht sich aber sein Versprechen zu halten und trifft mit seinem Gefolge im Mai 1525 in Frankenhausen ein. Von hier aus fordert er die Grafen Albrecht und Ernst von Mansfeld auf, mit ihrer Tyrannei aufzuhören. Er wusste das die revolutionäre Partei noch schwach und zersplittert war und stellte sich deshalb an deren Spitze. Seine zeit im Lager vor Frankenhausen nutzte er, um das Volk durch seine Predigten für den Kampf zu stärken. Müntzers größte Aufgabe war, den Bauern bei ihrer politischen Unerfahrenheit zu helfen. Militärische Kenntnisse besaß er aber nicht. Am 14. und 15. Mai 1525 greifen Hessische Truppen Frankenhausen an. Das Bauernheer errichtetet auf einem Berg eine Wagenburg. Durch das unentschlossene Handeln der Führer des Bauernheeres wurde die Revolution niedergeschlagen. Es waren 3.000 - 4.000 tote Bauern zu beklagen. Die Masse der überlebenden Bauern suchte Schutz in der nahe gelegenen Stadt Frankenhausen. Hier wurde auch Thomas Müntzer gefangen genommen. Am 27. Mai 1525 wurde er im Feldlager der Fürsten vor Mühlhausen hingerichtet.
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