Gegenüber dem Zollhaus an der südlichen Seite des "Berges an der Eine", eigentlich ein Hügelchen, liegt in der Ascherslebener Neustadt die Margarethenkirche. Sie ist etwa um 1100 erbaut worden. Urkundlich wird sie 1303 erstmalig erwähnt. Den Namen Margarethenkirche erhielt sie vermutlich nach der Äbtissin Margarethe, die im 14. Jahrhundert im Nonnenkloster als Domina regierte. Sie ermöglichte durch eine jährliche Geldzuwendung die Errichtung eines Pfarramtes in der Neustadt. Im Jahre 1410 wurde die Margarethenkirche bei einem Brand zerstört und erst 1586 durch den Rat wieder umfassend aufgebaut. Die Kirche scheint damals aber nicht völlig zerstört worden sein. Denn noch am 23. Juni 1489 hat urkundlich nachweisbar der Ascherslebener Bürgermeister Otto Hasselndorp einen Altar für St. Margarethen gestiftet und 1567 wurde an der Südseite der Kirche die Sonnenuhr angebracht. 20 Jahre später, nach dem Wiederaufbau der Kirche durch den Rat, stiftete im Januar 1587 die Tochter des Bürgermeisters Balthasar Müller, Barbara Müller, eine Decke für den Altar der Kirche. Seit 1489 war das die erste nachweisbare Stiftung.
Im März 1587 setzte man den Taufstein, im Mai wurde der Kessel für den Taufstein angefertigt und am 24. August schließlich wurde die erste Predigt in der Margarethenkirche gehalten. Die Fürsorge des Rates der Stadt Aschersleben für die Kirchengemeinde von St. Margarethen in dieser Zeit, zeigte sich in vielen Stiftungen. Seit dem Jahre 1587 flossen der Kirche Geldstiftungen zu. Am Heiligen Christabend des Jahres 1589 stiftete der Rat einen goldenen Kelch. Am 9. Dezember 1594 erhielt die Kirche eine zweite Glocke. Im Jahr 1620 wurde der Kirche eine Orgel geschenkt. Im Dreißigjährigen Krieg wurde 1636 die Kirche von schwedischen Soldatenhorden ausgeplündert und verwüstet, das Pfarrhaus von kaiserlichen Soldaten niedergerissen und verbrannt. Bezeichnend für die große Not in diesem Krieg war, dass damals verschiedentlich Beerdigungen ohne Sarg geschahen, da die Leute einfach das Geld nicht aufbringen konnten. Die ersten Beerdigungen ohne Sarg wurden im Februar 1632 auf dem Margarethenkirchhof vorgenommen. Nach der Wiederherrichtung der Kirche konnte am 10. August 1646 wieder das erste Kind in der Neustädter St. Margarethenkirche getauft werden.
Im Jahre 1678 wurde das neue Pfarrhaus auf der alten Trümmer- und Brandstätte errichtet, nachdem die Pfarrer bis dahin in der Altstadt wohnten und es ihnen bei Eintritt der Dunkelheit nicht mehr möglich war, zu Kranken und zu Sterbenden zu gehen, weil dann die Stadttore der Innenstadt geschlossen wurden. 200 Jahre lang, bis 1878, befand sich das alte Pfarrhaus der Neustadt am Zeughausplatz 2, es ist der heutige Carl-von-Ossietzky-Platz. Im Frühjahr des Jahres 1758 konnte der Pfarrer 24 Stühle in der St. Margarethenkirche aufstellen lassen. Weiterhin erhielt die Kirche mehrere Stiftungen, so bekamen der Altar und die Kanzel Bekleidung. Weiterhin stiftete die Frau Bürgermeisterin Derlinger einen schönen gläsernen Fensterstuhl der Kirche. Im Jahre 1760 besetzten die Franzosen Aschersleben und erpressten somit auch Geld von der Kirche. Durch die Nähe der Eine kam es auch immer wieder zu Überschwemmungen. So kam es auch im Jahre 1761 zu einer großen Überschwemmung und daraufhin predigte Pastor Temme zum Thema: "Große Wasserfluten als Zeichen der göttlichen Herrlichkeit". Auch sind die Hochwasser der Nachkriegszeit des Jahres 1947 und 1994 allen noch in Erinnerung geblieben. Der Platz an der Margarethenkirche hieß bis zum 18. Jahrhundert allgemein "Neustädter Kirchhof". Erst im Jahre 1875 erhielt er die offizielle Bezeichnung an der Margarethenkirche.