Johann Esaias Silberschlag war der Sohn des Dr. med. Johann Esaias Silberschlag (1676-1773), Arzt in Aschersleben, geboren in Erfurt. Dieser war viermal verheiratet; aus seiner zweiten Ehe mit Maria Justine Felge, Tochter des Peter Felge, Bürgermeister der Neustadt Quedlinburg, stammte der oben genannte Johann Esaias Silberschlag, geboren am 16. November 1721 in Aschersleben. Nach dem Besuch der "Gelehrten Schule" des Klosters Bergen bei Magdeburg studierte er Theologie und Naturwissenschaften in Halle. Nach seinem Studium war er im Kloster Bergen als Lehrer tätig, hauptsächlich für natur-wissenschaftliche Fächer. Nach sieben Jahren gab er diese Stelle auf, übernahm eine Landpredigerstelle in Wolmirsleben, heiratetet dort 1754 Katharina Maria Köbke aus Magdeburg und wurde 1756 in eine Stadtpredigerstelle an die Heilige-Geist-Kirche nach Magdeburg berufen. Im gleichen Jahr kam auf Order König Friedrichs II. der königlich- preußische Hof bis zum Ende des Siebenjährigen Krieges nach Magdeburg, um ihn einer Bedrohung durch die Russen in Berlin zu entziehen. Der Oberhofprediger Sack wohnte während dieser Zeit bei Johann Esaias Silberschlag, der auch bald die Aufmerksamkeit hoher Berliner Persönlichkeiten erregte.
Seine Berufung als Auswärtiges Mitglied der Akademie der Wissenschaften in Berlin im Jahre 1760 und seine "Theorie der am 23. Juli 1762 erschienenen Feuerkugel" trugen sicher mit dazu bei, dass man ihn 1769 als Direktor der Realschule nach Berlin berief, wo er zu einem Bahnbrecher des modernen Realschulunterrichts wurde. Gleichzeitig mit diesem Amt wurde er zum Oberkonsistorialrat ernannt und ihm eine Predigerstelle an der Dreifaltigkeitskirche zu Berlin übertragen. Preussenkönig Friedrich II., der seine naturwissenschaftlichen Fähigkeiten schätzte, berief ihn 1770 als Geheimen Baurat für das neu errichtete Oberbaudepartement, Referat Maschinenwesen und Wasserbau. Dieses ursprüngliche Nebenamt beanspruchte ihn aber so sehr, dass er das Rektorat 1782 niederlegte, seine Stellen als Oberkonsistorialrat und Prediger jedoch beibehielt. Besonders die 1784 infolge plötzlich hereinbrechenden Tauwetters in den preußischen Gebieten am Niederrhein erfolgten Dammbrüche und Überschwemmungen erforderten seinen ganzen persönlichen Einsatz. Im Jahre 1786 wurde er zum Ordentlichen Mitglied der Akademie der Wissenschaften zu Berlin berufen und 1787 erfolgte seine Erhebung zum Geheimen Oberbaurat.
Am 22.11.1791 verstarb Johann Esaias Silberschlag in Berlin, geschätzt als Prediger in den Gemeinden, in denen er gewirkt hatte. Der Zulauf zu seinen Predigten soll außerordentlich groß gewesen sein. Er war geachtet als technisch begabter Naturwissenschaftler, als der er zahlreiche Wasserbauprojekte realisierte und astronomische Geräte erfand, als Mitglied der Königlich Preußischen Akademie der Wissenschaften, der Berliner Gesellschaft Naturforschender Freunde, der Holländischen Gesellschaften der Wissenschaften zu Harlem und der gelehrten Gesellschaft zu Frankfurt/Oder. Er war Verfasser von über 70 Schriften und Büchern naturwissenschaftlichen und theologischen Inhaltes, hielt Vor-träge und erteilte Gutachten zu technischen Fragen. Bis zu seinem Lebensende bewegte er sich auf einem Doppelgleis, doch sein Leben hinterließ nie den Eindruck einer Disharmonie. Theologie und Naturwissenschaften waren für ihn keine Gegensätze, wobei er allerdings bei seinen Versuchen, die biblische Geschichte der Erdenstehung und der Sintflut naturwissenschaftlich zu begründen, teilweise zu recht kuriosen Schlussfolgerungen kam.