Die traurige Zeit des 30-jährigen Krieges hat die Wilsleber Gegend von Anfang bis Ende miterlebt. Wenn auch Wilsleben, geschützt durch seine Lage, leichter durch alle Schrecken hindurchgegangen ist, als mancher andere Ort. Man kann für diese Gegend drei Perioden unterscheiden. In der Ersten handelt es sich nur um Werbungen und Truppendurchziehungen. Die folgende Periode brachte kaiserliche und damit katholische Herrschaft. Ein Sohn des Kaisers wurde am 24. Dezember 1624 Bischof von Halberstadt. Jesuiten zogen in Aschersleben ein und nahmen unter anderem die jetzige reformierte Kirche wieder für den Katholizismus in Besitz, Magdeburg fiel. Die kaiserlichen Scharen durchzogen plündernd die Gegend. Erst die Schlacht bei Breitenfeld, in der am 7. September 1631 der Schwedenkönig Gustav Adolf über die Kaiserlichen siegte, machte der Herrschaft derselben für diese Gegend ein Ende. In der letzten Periode sah die Wilsleber Umgebung hauptsächlich schwedische Herrschaft. In einer Gemeinderechnung wurde erwähnt, dass schon 1618 durchziehende Soldaten auf Gemeinderechnung versorgt wurden. 1619 bis 1620 wurden auch etliche Soldaten, unter Rühren der Werbetrommel, gesucht. Im Kämmereibuch der Gemeinde wurden in den folgenden zwei Jahren mehrfach durchziehende Soldaten erwähnt. 1625 brachten Soldaten wieder die Pest in die Wilsleber Gegend. 1626 starben in Wilsleben wieder 183 Personen, darunter 11 Soldaten und 3 Soldatenfrauen. Aber auch durch Einquartierung scheint Wilsleben in dieser Zeit schwer gelitten zu haben. Am 19. August 1631 wurde Wilsleben durch Pappenheims Soldaten geplündert. In der Gemeinderechnung sind die traurigen Kriegsgeschehen niedergeschrieben worden. Als das Ende des traurigen Krieges herannahte, feierte auch Wilsleben ein Dankfest. Da im 30-jährigen Krieg die Akten des Amtes Gatersleben verloren gegangen sein sollen, kam Wilsleben an das damals entstehende Amt Winningen. Das Amt zu Winningen hat also die "Civil- und Kriminaljurisdiktion" über Wilsleben. Unmittelbar nach dem 30-jährigen Krieg erschien die preußische Zeit als eine überaus Harte und Schwere. Die "durchmarschierenden Völker" hatten noch die Gewohnheiten des eben beendeten Krieges. 1657 war noch die Entwicklung eines kurfürstlichen "Salva Gardi Briefes" nötig, den der Winninger Amtmann besorgte.