Der 30-jährige Krieg, der auch als Glaubenskrieg bezeichnet wurde, war ein Machtkampf zwischen Kaiser und Fürsten. Durch den dauernden Streit wurden Land und Menschen in Furcht und Schrecken gehalten. Der 30-jäh-rige Krieg war das schlimmste Leid, was den Menschen zugefügt worden ist. 1636 lagerte Bernhard von Weimar mit seinem schwedischen Heer in dieser Gegend. Im Jahre 1642 rückten die Schweden wieder in Ermsleben ein. Mit Einwilligung des Besitzers, Busso von Asseburg, besetzten sie den Falkenstein. 1645 war der Krieg für unsere Gegend vorüber. Die Fürsten sahen den Ausgang des Krieges als Sieger. Ihnen wurden 1648 laut Friedensvertrag alle Rechte und Macht zugesprochen. Deutschland war in über 300 kleine Einzelstaaten aufgeteilt. Das Bistum Halberstadt kam mit Ermsleben zu Brandenburg. 1674 wurde eine Abgabe für eingeführte Waren erhoben, die am Stadttor zu erlegen war. Das erste Bier wurde in Ermsleben schon 1609 gebraut. 1685 genehmigte der Kurfürst von Brandenburg die neue Brauereiordnung. Zur dieser Zeit gab es bereits eine kleine Lateinschule, da es Volksschulen noch nicht gab.
Feudalherren und Kirche waren nicht daran interessiert, aus Ihren Untertanen wissende Menschen zu machen. In dieser Zeit wurde auch schon eine Wasserleitung erwähnt. 1717 gab es einen Brand. 134 Häuser wurden in Asche gelegt, auch das Rathaus brannte ab. Im April 1719 wurde der Dichter Ludwig Gleim in Ermsleben geboren. 1722-1736 wurde Ermsleben eine kleine Garnison. Hier war eine Kavallerieabteilung des Ascherslebener Reiterregimentes. Das Rathaus bekam in den Jahren 1773 bis 1779 seine heutige Gestalt. Die land-wirtschaftlichen Arbeiter lebten gegenüber dem Bürgertum noch in tiefer Leibeigenschaft. Um die Stadtregierung hatte sich der Bürger noch nicht zu kümmern. Es gab weder Stadtverordnete noch Wahlrecht. Der König schickte meist einen Beamten, der als Bürgermeister regierte. Ermsleben gehörte in der napoleonischen Zeit bis 1813 zum Königreich Westfalen. Französische Besatzung befand sich in Ermsleben. An den Befreiungskriegen 1813 bis 1815 nahmen neben dem Heeresdienst auch Freiwillige teil.
Nach dem Wiener Kongress 1815 wurde die Provinz Sachsen gegründet. Ermsleben kam zum Mansfelder Gebirgskreis. 1840 wurde die Ziegelei auf dem Friedrichshohenberg errichtet. Die bürgerliche Revolution von 1848 brachte auch für Ermsleben Änderungen, die sich im Denken und in den Ansichten der Bürger widerspiegelten. Ein eigenes Gericht bekam Ermsleben 1849, das 1881 in ein Amtsgericht umgewandelt wurde. Den Ersten Hausanschluss der Wasserleitung legte man 1863. Im Jahre 1868 wurde die Eisenbahn bis Ballenstedt-Ost eröffnet und 17 Jahre später bis Quedlinburg weitergeführt. Die Freiwillige Feuerwehr wurde um 1870 ins Leben gerufen.