Die Geschichte von Frankenhausen, am Südhang des Kyffhäusers gelegen, ist eng mit dem Deutschen Bauernkrieg und dem Wirken Thomas Müntzers verbunden. Im Frühjahr 1525 flammten auch in Thüringen die Aufstände des Bauernkrieges auf. Im April erhoben sich die Bürger, Handwerker und Knechte von Frankenhausen gegen das gräflich-schwarz-burger Regiment und den Rat, gegen feudale Bevormundung und Unterdrückung und für die Freiheit des Evangeliums. Sie besetzten das Rathaus, stürmten das Nonnenkloster und das Schloss. Dokumente wurden vernichtet. Die Aufständischen setzten den alten Rat ab. Im neuen Rat waren alle Schichten der Stadt vertreten. In 14 Artikeln formulierten sie ihre Ziele, die ökonomische, soziale, aber auch kirchenorganisatorische Forderungen enthielten und die Interessen aller Schichten der Stadt, aber auch der Bauern, berücksichtigten. In den folgenden Tagen zogen Bauern und Handwerker aus der Umgebung, aber auch aus den Grafschaften Mansfeld, Stolberg, aus Mühlhausen und dem Eichsfeld nach Frankenhausen.
Es sollen bis zu 8000 Mann gewesen sein. Unter ihnen war auch Thomas Müntzer, einer der bedeutendsten und radikalsten Denker dieser Umbruchszeit. Der Theologe der Revolution, der für einen neuen Himmel und eine neue Erde stritt. Die Fürsten formierten ihre Kräfte zur Niederschlagung. Söldner kamen aus dem sächsischen, hessischen, braunschweigischen und brandenburgischen Zentrum und zogen gegen Frankenhausen. Am 15.5. errichteten die Aufständischen auf dem Hausberg, dem heutigen Schlachtberg, eine Wagenburg. Müntzer fungierte im Lager als Feldprediger. Er forderte die Aufständischen auf, den Tyrannen keinen Glauben zu schenken und mutig zu streiten. Den Fürsten gelang es, die Wagenburg zu umkreisen. Während des Mittagsgebetes der Aufständischen wurde die Wagenburg entblößt und der Überfall begann. Es kam kaum zum Widerstand. Die Masse der Aufständischen suchte ihr Heil in der Flucht hinter den Mauern der Stadt. Thomas Müntzer geriet in der Stadt in die Hände der Fürsten. In Heldrungen auf der Wasserburg verhört und gefoltert, wurde er am 27.05.1525 vor Mühlhausen hingerichtet. Die Erinnerungen an diese Ereignisse blieben in Thüringen durch die Jahrhunderte im Bewusstsein des Volkes lebendig.