Eine besondere Kostbarkeit der St. Stephanikirche ist ihre Orgel. Jeder Besucher wird seine Aufmerksamkeit sofort der Orgel widmen, die sich auf der Empore über die gesamte Breite des Hauptschiffes der Kirche ausdehnt. Die Ursprünge der Orgel sind auf das Jahr um 1657 zurückzuverfolgen. Der Pfeifenbestand sowie die äußere Erscheinung wurden seitdem oftmals verändert. Bereits 1712 erfuhr sie durch den Orgelmacher Concius aus Wernigerode eine Erweiterung auf 40 Tonbereiche. Im Gegensatz zu heute war die Orgel damals sehr eingeschränkt und es fehlte bei den tiefen Tonlagen das Cis und Dis und bei den Halbtönen wurde erst ab „B“ aufgenommen. In den Jahren um 1855 wurde ein Neubau durch den Orgelbauer Schultze aus Paulinzella durchgeführt. Dieser wurde am 21. Februar vom Musikdirektor Mühling aus Magdeburg abgenommen. Zum Entstehungsjubiläum der Stephaniekirche entschloss man sich eine völlig neue und moderne Orgel zu bauen. Dies war eine pneumatisch gesteuerte Orgel. Der Orgelbauer Ernst Röver baute eine Kastenlade ein, auf denen sich 2814 Pfeifen zu 51 Tonlagen organisierten. Um die Pfeifen unterzubringen wurde das Gehäuse an beiden Seiten erweitert. Dadurch wurden die ursprünglichen Seitenwände um 90 Grad verstellt. Auf diesen Wänden sind gemalte Portraits ehemaliger Ratsherrn angebracht. Eine Tastenreihe besitzt 56 Tasten und dies entspricht 4 ½ Oktaven. Auch das Pedal wurde auf 30 Tasten festgelegt. Entsprechend der Entstehungszeit konnte man von einer großen romantischen Orgel sprechen. Der Klang und die Auswahl der Tonbereiche ließ eine stilgerechte Interpretation der gesamten romantischen Orgelliteratur zu. Durch die Veränderungen in der Musik veränderte sich auch das Klangbild der Orgel. Somit ist der Umfang der zu realisierenden Orgelliteratur umfangreicher geworden. Die Orgel besteht aus drei Tastenreihen á 56 Tasten und einem Pedal, auf dem 52 Tonbereiche verteilt sind. Diese fassen insgesamt 2429 Pfeifen. Hinzu kommen noch die 79 sichtbaren Prospektpfeifen. Somit ergibt sich eine Gesamtzahl von 3508 Pfeifen. Alle Pfeifen sind in Halbtonschritten angeordnet.