Der große deutsche Bauernkrieg ging von Juni 1524 bis Juli 1526. Er war Bestandteil und Höhepunkt der früh-bürgerlichen Revolution in Deutschland. Sein Ausgang bestimmte die Entwicklung Deutschlands in den folgenden 3 Jahrhunderten. Die Bauern verloren den Kampf und das warf Deutschland in seiner Entwicklung zurück und machte es zum Schauplatz verheerender Kriege. Feudalherren bewilligten unter Druck der Bauern Reformen, nahmen diese jedoch später wieder zurück oder ließen sich entstandene Schäden gut bezahlen. Zuerst hätten die Feudalherren entmachtet werden müssen, damit man Deutschland politisch und wirtschaftlich umgestalten kann. Alle die unter dem Feudalismus leiden, hätten sich geschlossen und einheitlich zum Kampf einfinden müssen. Müntzer appellierte stets an das Vertrauen der Bauern in sich selbst, doch die Bauern vertrauten lieber auf die baldige Hilfe Gottes oder ließen sich durch Versprechungen der Feudalherren blenden. Im Bistum Halberstadt ging es den Bauern ein wenig besser. Sie waren sogar relativ wohlhabend, wie man aus den Steuerregistern von 1531 erkennen kann. Aber die Menschen waren unzufrieden.
Als die Gegend von den Aufständen ergriffen wurde, zogen fast alle Bevölkerungsschichten in den Kampf. Das Fürstbistum Halberstadt unterstand der Verwaltung Albrechts von Hohenzollern. Dieser war seit 1518 Kardinal, gleichzeitig Erzbischof von Magdeburg und Mainz und Reichskurfürst. Geistige Führer des Bauernkrieges im Bistum Halberstadt waren ein Kupferschmied namens Hans und Werner von Sangerhausen, ein verarmter Adliger. Die Aktionen der Bauern richteten sich vor allem gegen Klöster und Klöster Höfe. Die Klöster hatten den größten Besitz und die ländliche Bevölkerung war von den geistlichen Feudalherren abhängig. In Aschersleben gehörten der Kirche das Nonnenkloster St. Marien, die Franziskaner-Klosterkirche und der Graue Hof. Im heutigen Gebiet um Aschersleben gehörten der Kirche: ein Nonnenkloster in Mehringen, ein Damenstift in Frose, die Konradsburg, das Benediktiner-Mönchskloster in Hedersleben, je ein Klostergut in Winningen und Wilsleben und je eine Burg in Hausneindorf und Gatersleben. Im Ansturm der aufständischen Bauern wurden unter anderem die Klöster in Aschersleben, Hedersleben, Konradsburg und der Klosterhof Winningen eingenommen, ausgeraubt und teilweise zerstört.
Es gab jedoch auch Ortschaften, die mit dem Aufstand nichts zu tun haben wollten, wie Cochstedt. Als der Klosterhof in Winningen in Brand gesteckt wurde, sind allerdings auch Cochstedter hingefahren und haben Mehl und anderes eingeladen. Auch der Ascherslebener Rat wünschte sich die Unabhängigkeit von der Kirche. Bürgerschaft und Rat allein hatten jedoch nicht den Mut etwas zu verändern. Man wollte die Bauern vorschicken. Der Rat entschloss sich zu einem Betrugsmanöver. Er verhandelte mit der Äbtissin des Marienklosters, sie sollte ihr Kloster unter den Schutz der Stadt Aschersleben stellen. Zuerst sagte die Äbtissin ab, doch einige Tage später war ihre Angst sehr groß und sie verhandelte mit dem Rat der Stadt Aschersleben. Der Rat verlangte die Abtretung aller Klostergüter bei Aschersleben. Die Äbtissin musste alle Wertgegenstände und das Archiv übergeben. Der Grundbesitz ging ebenfalls an die Stadt über. Die Nonnen siedelten in das Barfüßlerkloster über. Als die Bauern einen Angriff auf das Kloster unternahmen, gab die Stadt es zum Plündern frei.
Ausplünderung oder teilweise Zerstörung der Klöster ist für unser Gebiet vorherrschend. Die große Anzahl der Bauern verstanden nicht, dass die Vertreibung der Nonnen nicht ausreichte. Das politische Ziel Müntzers wäre erreichbar gewesen, wenn der Aufstand auch andere Gebiete erfasst hätte und die Bauern einheitlich gehandelt hätten. Der Bischof von Halberstadt lebte nach dem Bauernkrieg 1525 noch weitere 20 Jahre und stellte der Stadt harte Unterwerfungsbedingungen. Er verlangte die Auslieferung der Waffen, der Geschütze, der Stadtschlüssel und die Rückgabe aller kirchlichen Besitztümer. In einem Entschuldigungsschreiben erklärte sich die Stadt bereit, die Schäden zu ersetzen und die Anführer der Aufständischen auszuliefern. Sie wollte jedoch die Stadtschlüssel und die Geschütze behalten. Der Bischof verzieh der Stadt, bestand aber auf einer Geldbuße von 6000 Goldgulden, zusätzlich 600 Gulden für das hiesige Kloster und 500 Gulden für den zerstörten Winninger Klosterhof. Der Kardinal bemühte sich in den Jahren nach dem Bauernkrieg alle Abtrünnigen seiner Bistümer wieder in den Schoß der katholischen Kirche zurückzuführen. Die neue Lehre setzte sich aber durch. Damit verloren die Klöster ihre Existenzgrundlage und zerfielen allmählich.